Die Geigerin wurde in Tokio geboren, wuchs in Yokohama und Nagano auf und erhielt seit ihrem sechsten Lebensjahr Geigenunterricht. Mit 18 Jahren kam Misa Nakamoto für das Musikstudium nach Deutschland. Sie studierte an der Staatlichen Hochschule für Musik und Darstellende Kunst Mannheim das Fach Orchestermusik, wobei sie im Hauptfach Violine von Professor Roman Nodel unterrichtet wurde. Für das künstlerische Aufbaustudium studierte sie an der Staatlichen Hochschule für Musik und Darstellende Kunst Stuttgart. Ab ihrem 23. Lebensjahr arbeitete Misa Nakamoto als Orchestermusikerin in verschiedenen Kulturorchestern Deutschlands: Bei der Staatsphilharmonie Rheinland-Pfalz, am Staatstheater Kassel, im Folkwang Kammerorchester Essen, am Duisburger „Les Misérables“-Theater am Marientor, im Loh-Orchester Sondershausen (ehemalige Max-Bruch-Philharmonie) am Theater Nordhausen, im Göttinger Symphonieorchester und am Theater Ulm. 

Seit 2002 spielt Misa Nakamoto in den ersten Geigen der Badischen Philharmonie Pforzheim.