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Markus Huber wurde 1968 in München geboren. Als Solist des Tölzer Knabenchores arbeitete er schon in früher Jugend mit Musikerpersönlichkeiten wie Herbert von Karajan, James Levine, Wolfgang Sawallisch, Nicolaus Harnoncourt und Dennis Russel Davies. Sein Musikstudium absolvierte er an den Hochschulen in München und Wien, wo u.a. Leopold Hager (Dirigieren) und Karl-Hermann Mrongovius (Klavier) zu seinen Lehrern gehörten.

Seine Dirigentenkarriere begann Markus Huber 1996 als Solorepetitor mit Dirigierverpflichtung am Landestheater Detmold. Ein Jahr später wechselte er in gleicher Position sowie als 2. Chordirektor an das Opernhaus Chemnitz und wurde 1999 zusätzlich Chefdirigent des Collegium Instrumentale Chemnitz. Von 2002 bis 2007 war er erster Gastdirigent des Bulgarischen Kammerorchesters, 2003 wurde Markus Huber Chefdirigent des Leipziger Symphonieorchesters.

Seit 2008 ist Markus Huber Generalmusikdirektor des Theaters Pforzheim. Hier hat er bislang eine Vielzahl so unterschiedlicher Produktionen wie "Die Zauberflöte", "La Bohème", "Die Dreigroschenoper", "Salome", "West Side Story", "Nabucco", "Wozzeck" und "Lohengrin" geleitet sowie Konzertprogramme in der Bandbreite von Operettenschlagern über klassische und spätromantische Symphonik bis hin zu zeitgenössischer Musik dirigiert. Großer Beliebtheit erfreuen sich auch seine Moderationen und Einführungen. 

Markus Huber stand außerdem am Pult zahlreicher renommierter Orchester, darunter die Deutsche Radio Philharmonie Saarbrücken Kaiserslautern, Staatsphilharmonie Rheinland Pfalz, Orchester des Nationaltheaters Mannheim, Münchner Symphoniker, Württembergische Philharmonie Reutlingen, Südwestdeutsche Philharmonie Konstanz, Nordwestdeutsche Philharmonie, Philharmonie Südwestfalen, Hamburger Symphoniker, Staatsorchester Oldenburg, Neue Philharmonie Westfalen und Loh-Orchester Nordhausen, ORF-Symphonieorchester, Turku Philharmonic, Tokio, Singapur und Kuala Lumpur sowie zahlreiche Orchester in den USA: Philadelphia Symphony Orchestra, Minnesota Symphony Orchestra, San Francisco Symphony Orchestra, Tucson Symphony Orchestra, Cincinnati Symphony Orchestra, Colorado Symphony Orchestra, Omaha Symphony Orchestra, Detroit Symphony Orchestra, Grand Rapids Symphony Orchestra, Nashville Symphony Orchestra, Utah Symphony Orchestra, Des Moines Symphony Orchestra, Minneapolis, Florida, New Orleans und Boston.

In der Saison 2017/ 18 bringen ihn Einladungen zur Louisiana Philharmonic New Orleans, Staatsphilharmonie Rheinland Pfalz, Nordwestdeutschen Philharmonie (mit Konzert im Concertgebouw Amsterdam), Philharmonie Südwestfalen, Landesjugendorchester Rheinland Pfalz, Johann-Strauß Ensemble Linz,  Bergische Symphoniker und Südwestdeutschen Philharmonie Konstanz.

Im Oktober 2017 ist Markus Hubers jüngste CD erschienen - "Spices! Perfumes! Toxins!" (Avner Dorman) und "Der Zauberlehrling" (Paul Dukas) mit der Nordwestdeutschen Philharmonie und den Solisten Daniel Townsend und Aron Leijendeckers (Ars Produktion).